Project64 funciona mediante el sistema de ROMs de juegos, deberás buscarlos por tu cuenta para poder jugar. No hace falta que los descomprimas si están en formato ZIP, ya que el emulador puede extraerlos automáticamente. Además, dispone de su propio gestor de juegos, y desde el propio programa podremos ver la lista de los que disponemos junto con una imagen e información sobre el juego.

Entre sus muchas opciones de configuración está la posibilidad de configurar la resolución y todo tipo de filtros gráficos para hacer que los juegos luzcan incluso mejor que en la propia Nintendo 64 original. El emulador cuenta con una lista donde se muestran todas las ROMs válidas dentro de la carpeta que hayamos designado como el contenedor de las mismas. Haz doble clic en una de ellas para comenzar la partida. La calidad de vídeo y de sonido es prácticamente idéntica al original. Además, Project64 soporta el uso de joystick y permite la configuración total del dispositivo (incluido el Rumble Pack de la consola original para la vibración).